El Programa de Fruticultura se encarga de seleccionar materiales promisorios de frutales con alto potencial de rendimiento, tolerantes a enfermedades y problemas abióticos, adaptados a las principales zonas de producción de la región amazónica ecuatoriana y con aptitud para consumo directo y agroindustrial, además se evalúa tecnologías de producción sostenibles aptas para la Amazonía ecuatoriana.

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